«Нефтчи», начавший подготовку к новому сезону в Баку, отправился в Кисловодск для проведения учебно-тренировочных сборов и товарищеских матчей. Травмированный капитан Гурбан Гурбанов остался в столице для продолжения лечения. Несмотря на контракт с нашей командой, форвард Надир Набиев под давлением АФФА вынужден был перейти в «Туран». К команде смог присоединиться защитник Ильхам Ядуллаев. В России, «черно-белые» сыграли с пятигорской командой «Машук-КВМ». В составе российской команды, главному тренеру «Нефтчи» Казбеку Туаеву приглянулся защитник Анатолий Теблоев. В связи с этим он был приглашен на просмотр в Баку. Вместе с ним на просмотр приехали нападающий Шалва Исиани и полузащитник Давид Сванидзе из клуба «Сиони» Болниси. В преддверии матчей Лиги Чемпионов со всеми тремя футболистами были заключены контракты. Заранее отметим, что Исиани вернулся назад после матчей с «Широки Бриег», а Сванидзе сразу по завершении первого круга.

Несмотря на то, что команда после выездного матча с ЦСКА в рамках Лиги Чемпионов вернулась в Баку и готовилась к играм чемпионата, Туаев вернулся на родину чуть позже. Из-за матча с ЦСКА встреча «Нефтчи» с «Бакы» в первом туре была отложена. Наши футболисты, вышедшие на первую игру без главного тренера, с трудом победили «Шамкир», благодаря голу на последних минутах. Бакинцы смогли набрать всего одно очко в двух перенесенных матчей, с учетом отложенной игры 3-го тура с «Карваном», что очень плохо сказалось на ситуации в турнирной таблице. Победы над такими противниками из числа аутсайдеров, как «Гянджлярбирлийи», «Геязан», «Бакылы», «МКТ-Араз», сменились неожиданной домашней ничьей с МОИК и поражением «Интеру» на выезде.

Не помогло и привлечение в состав хорвата Томислава Вишевича и нигерийца Стенли Уденквора в ходе первого круга. Неудачный старт сезона и значительное отставание от лидеров переполнили чашу терпения руководства. Вслед за вице-президентом Намигом Гулиевым в отставку был отправлен и Казбек Туаев. С середины 2004 г. вице-президентом был назначен Рамин Мусаев, занимавший должность исполнительного директора, а главным тренером стал Агасалим Мирджавадов, долгое время работавший в «Нефтчи» во времена советского союза. Главной целью, поставленной перед обоими лицами, было поднятие духа и восстановление дисциплины в команде. Заранее стоит отметить, что они оба, в частности Рамин Мусаев, проделали значительную работу для поддержания у футболистов, как настроя, так и дисциплины. В результате чего команда одержала победы в оставшихся матчах, уступив лишь в Товузе. 

В связи с участием «Нефтчи» в январе на традиционном турнире «Кубок Содружества», подопечные Мирджавадова завершили перерыв раньше других команд. Зимой команду покинули Сванидзе, Уденквор и Ядуллаев. А вместо этого в команду вернулись находившиеся на военной службе – Эльнур Аллахвердиев и Рашад Садигов. Накануне поездки в Москву состоялся самый успешный трансфер последних лет – были заключены контракты с грузином Георгием Адамией, Русланом Гафитулиным и хорватом Дарко Чордашом. Исса Никиема отправился вместе с командой в Москву на просмотр, однако тренерский штаб не одобрил его трансфер.

«Нефтчи», начавший второй круг с ничьи в матче с «Бакы», вошел в группу лидеров благодаря последовательным победам, но тут ситуацию усложнили домашние ничьи с «Интером», а вслед за ним с «МКТ-Араз», что было неожиданностью. В середине второго круга с целью усиления состава были заключены контракты со словенским нападающим Томиславом Мишурой и грузинским защитником Валерием Абрамидзе.

За 5 туров до окончания чемпионата, «Нефтчи» ожидала драматичная игра с «Карабахом» в Сураханах. Сперва счет открыли агдамцы, а за 9 минут до конца Томислав Мишура забил ответный гол. Но хозяева поля смогли забить победный мяч в добавленные судьей минуты. Чтобы иметь шансы на чемпионство «Нефтчи» необходимо было победить основных своих противников «Туран» и «Хазар-Лянкяран» в Баку, и «Гянджу» на выезде. Наши футболисты, проведшие все эти встречи на одном дыхании, проявив невероятное упорство, смогли завоевать 3 очка. Так как «Шафа» прекратила свое выступление после первого круга, наша команда, одержавшая техническую победу в последнем туре, должна была дождаться матчей других соперников для оформления своего чемпионства. «Хазар-Лянкяран» сравнял очки с «Нефтчи», одержав победу в Гяндже, и согласно положению, чемпиона пришлось определить в «золотом матче».

Еще один памятный матч в истории клуба состоялся 10 июня на Гянджинском городском стадионе на глазах у 25 тысяч болельщиков. Смотреть матч, приехали любители футбола со всех концов Азербайджана. Впервые в истории национального чемпионата, встречу обслуживала иностранная бригада арбитров. После стартового свистка Карло Бертолини лянкяранцы, ринувшись вперед, открыли счет. «Нефтчи», по ходу сезона неоднократно демонстрировавший умение собраться в самые трудные минуты, во втором тайме благодаря боевому духу футболистов сравнял счет. Руслан Аббасов нанес неотразимый удар с дальней дистанции. А через несколько минут Заур Тагизаде забил победный гол. Таким образом «Нефтчи» стал 5-кратным чемпионом Азербайджана.