Первую победу в еврокубках «Нефтчи» одержал в дебютном матче Лиги Европы, которая раньше называлась Кубок УЕФА. В матче против «Локомотива» из болгарской Софии, состоявшемся 17 июля 1996 г. на Республиканском стадионе, наша команда победила соперника со счётом 2:1. Однако, пропустив в ответном матче 6 безответных голов, «черно-белые» приостановили борьбу.

В очередной раз к турниру Кубка УЕФА «Нефтчи» присоединился в сезоне 1999/2000, и проиграл «Црвене Звезде» в обоих матчах – 2:3, 0:1. Затем, на протяжении двух сезонов подряд – 2000/2001 и 2001/2002 нашей команде не удалось преодолеть словенскую «Хит Горицу» – 1:0, 1:3 и 0:0, 0:1. А в сезоне 2007/2008 пробиться в следующий раунд нашей команде помешал австрийский «Рид» – 1:3, 2:1.

Наибольший успех за историю еврокубков «Нефтчи» добился в сезоне 2012/2013. Наша команда, начав сезон в Лиге Чемпионов, проиграла в третьем квалификационном раунде, и была вынуждена продолжить борьбу в Лиге Европы. В первой игре плей-офф, состоявшейся в Баку против кипрского АПОЭЛ, была зафиксирована ничья (1:1), а в ответном матче флагман победив (3:1) впервые за историю азербайджанского футбола завоевал путёвку в групповой этап, где «черно-белым» противостояли итальянский «Интер», российский «Рубин» и сербский «Партизан». Добившись ничьей с миланским грандом в гостях (2:2) и в обоих матчах с белградской командой (0:0, 1:1), наша команда набрала 3 очка.

«Нефтчи» мог пробиться в групповой этап и в сезоне 2014/2015. Флагман, подключившийся к турниру лишь со второго квалификационного раунда, победил словенскую команду «Копер» (1:2, 2:0) и грузинский клуб «Чихура» (0:0, 3:2), но в плей-офф не смог преодолеть сербский «Партизан» (2:3, 1:2).

Уступив в первом раунде сезона 2015/2016 черногорскому клубу «Младость» (2:2, 1:1), в следующем сезоне «Нефтчи» попрощался с Лигой Европы во втором раунде. По итогам двух матчей наша команда преодолела мальтийский «Бальзан» (2:0, 1:2), но не смогла справиться со «Шкендией» из Северной Македонии – 0:0, 0:1.

В первой встрече против венгерского клуба «Уйпешт» в сезоне 2018/2019 «Нефтчи» одержал победу со счётом 3:1, но в ответном матче проиграл со счётом 0:4 и приостановил борьбу.

Сезон 2019/2020 можно считать успешным для «Нефтчи». Забив 9 безответных голов в ворота молдавского клуба «Сперанца» в первом квалификационном раунде (3:0, 6:0), флагман смог отстранить от борьбы и российский «Арсенал». 25 июля 2019 г. «черно-белые» одержали победу в Туле со счётом 1:0, а в ответном матче, состоявшемся через неделю на стадионе «Баксель Арена», победили соперника с более крупным счётом – 3:0. Однако, в третьем квалификационном раунде наша команда не смогла обыграть израильский клуб «Бней Иегуда» (2:2, 1:2) и пробиться в плей-офф.

Пред групповые этапы сезона 2020/2021 Лиги Европы состояли из одного матча из-за распространившейся во всём мире пандемии COVİD-19. По итогам жребия, «Нефтчи» повстречался с соперником по первому квалификационному раунду – командой «Шкупи» дома, и в этом матче, состоявшемся на «Баксель Арена», одержал победу со счётом 2:1. Во втором раунде жребий свёл нашу команду с турецким клубом «Галатасарай». Этот матч тоже состоялся в Баку, на Бакинском Олимпийском Стадионе, но на этот раз «черно-белые» уступили клубу братской страны со счётом 1:3 и приостановили борьбу.

«Нефтчи», продолжающий сезон 2021/2022 в Лиге Европы после прощания с Лигой Чемпионов, в третьем квалификационном раунде встречался с финским клубом ХИК. После ничьей 2:2 на «Баксель Арене», выездное поражение 0:3 отправило нашу команду в Лигу Конеренций.
Всего «Нефтчи» провел в Лиге Европы 42 матча. Из них наша команда выиграла 13 матчей, и проиграла 18 раз. В 11 матчах была зафиксирована ничья. Разница мячей – 56-62.