Не каждому футболисту суждено выступать за одну и ту же команду 15 лет подряд – тем более, защищать честь такого клуба, как «Нефтчи»...  Но Юнису Гусейнову это удалось. Полузащитник, проведший больше половины карьеры футболиста в «Нефтчи», был знаменит не только в Азербайджане, но и в бывшем СССР. Вся его сила была сконцентрирована в левой ноге, а правая помогала ему, в большей степени, не работать с мячом, а двигаться по полю. Будучи левшой, в первые годы Юнис выступал в позиции левого полузащитника, но позднее он постепенно перешёл в центр поля, и бóльшую часть своей карьеры выступал в позиции центрального полузащитника. Гусейнов, прославленный за пределами Азербайджана ещё в молодые годы, привлекался в олимпийскую сборную СССР. Но в 1988 г. он в последний момент был исключён из состава, направляющегося на Олимпиаду в Сеул.    Руководители сборной не позволили поездку в Сеул двух футболистов «Нефтчи», и в результате радость чемпионства испытал лишь один олимпиец из «Нефтчи» – Игорь Пономарёв.

В то время серьёзно обсуждался вопрос перехода Юниса в московский «Локомотив». Он даже тренировался с этой командой, но истосковав по Баку, вернулся на родину. В любом случае, успехи, которых он не смог достичь при СССР, нашли его уже в годы независимости в составе «Нефтчи». Полузащитник, забивший 101 гол в 341 матче в чёрно-белой форме, стал победителем чемпионата Азербайджана (1992, 1996, 1997), кубка (1995, 1996) и суперкубка страны (1993, 1995), и был признан лучшим футболистом Азербайджана (1994, 1998). Гусейнов мог испытать карьеру легионера, но отправившись в 1992 г. в Иран, не смог остаться там, и через недолгое время вновь вернулся в «Нефтчи». Юнис, считавшийся одним из лидеров флагмана, долгое время носил капитанскую повязку. Забив первый гол в «Нефтчи» в чемпионате независимого Азербайджана, он увековечил своё имя в истории команды, и побил рекорд, отличившись голами в 12 играх подряд. В 1997 г. ожидался его уход из «Нефтчи», но Юнис Гусейнов стал одним из немногих опытных футболистов, оставшихся в составе команды, ослабленной по причине политики «омоложения», осуществляемой после произошедшего в команде раскола. Однако, через год он вернулся в Гянджу, где он когда-то делал первые шаги в футболе, и последнее чемпионство в своей карьере (1998/99) завоевал с «Кяпазом», представляющим его родной город. Юнис Гусейнов, начавший своё выступление в качестве профессионального футболиста в 19 лет – в 1984 г. в составе «Нефтчи», завершил свою карьеру в городе Гянджа, где он родился и вырос.